这篇文章主要介绍GSDS网站docker镜像本地构建的示例分析,文中介绍的非常详细,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们一定要看完!
GSDS网站docker镜像本地构建
GSDS网站有时候打不开,可能服务器没有人维护,原网站:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php 备用网站:http://gsds.gao-lab.org/index.php
这里为了方便大家使用GSDS,绘制基因结构图,组学大讲堂免费提供一个镜像使大家可以在自己的电脑上搭建一个GSDS网站,这样就永远不会打不开网站了,具体方法如下:
搭建网站系统环境:
操作系统:win10教育版,
docker:docker桌面版本
1.下载组学大讲堂提供的专门为GSDS定制的docker镜像
> docker search omicsclass #搜索镜像
NAME DESCRIPTION STARS OFFICIAL AUTOMATED
omicsclass/gene-family gene-family analysis docker image 4
omicsclass/rnaseq RNA-seq analysis docker image build by omics… 3
omicsclass/reseq whole genome resequence analysis 1
omicsclass/blast-plus blast+ v2.9.0 0
omicsclass/biocontainer-base Biocontainers base Image centos7 0
omicsclass/isoseq3 isoseq3 v3.3.0 build by omicsclass 0
omicsclass/bwa BWA v0.7.17 build by omicsclass 0
omicsclass/samtools samtools v1.10 build by omicsclass 0
omicsclass/blastall legacy blastall v2.2.26 0
omicsclass/sratoolkit SRAtoolkit v2.10.3 and aspera v3.9.9.177872 0
omicsclass/ampliseq-q2 Amplicon sequencing qiime2 v2020.2 image 0
omicsclass/bsaseq NGS Bulk Segregant Analysis image 0
omicsclass/ampliseq-q1 Amplicon sequencing qiime1 v1.9.1 image 0
omicsclass/gwas gwas analysis images 0
> docker pull omicsclass/gsds-v2 #下载镜像
2.下载GSDS网站源代码下载:gsds_v2.zip ,然后解压文件到一个目录:
我这里解压到了:D:\gsds_v2
3.启动docker镜像:
> #查看后台镜像
REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE
omicsclass/gsds-v2 latest d77e054c3744 8 hours ago 2.54GB
mattrayner/lamp latest 05750cfa54d5 5 days ago 915MB
omicsclass/bsaseq latest d5ed7a70bfc8 13 days ago 9.77GB
omicsclass/reseq v1.1 da154448a90f 4 weeks ago 8.83GB
omicsclass/gene-family v1.0 2d1d640726dd 3 months ago 4.53GB
> #后台启动docker网站服务器,注意目录映射-v 参数, 解压的目录D:\gsds_v2
4.打开网站使用本地GSDS网站:
网站本地地址:127.0.0.1 ,如果网站没有打开,可以稍等一下,后台服务启动需要时间;
以上是“GSDS网站docker镜像本地构建的示例分析”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!希望分享的内容对大家有帮助,更多相关知识,欢迎关注天达云行业资讯频道!