这篇文章给大家分享的是有关如何使用R包ggplot2绘制哑铃图展示基因的CNV突变频率的内容。小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，一起跟随小编过来看看吧。
R包ggplot2绘制哑铃图展示基因的CNV突变频率
使用方法:
$Rscript scripts/cnv_dumbbell_plot.r -h
usage: scripts/cnv_dumbbell_plot.r [-h] -c CNV_DATA -g GENE_SYMBOL [-H HEIGHT]
[-W WIDTH] [-o OUTDIR] [-p PREFIX]
CNV_Dumbbell_plot:https://www.天达云.com/article/1572
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-c CNV_DATA, --cnv_data CNV_DATA
input cnv data file path[required]
-g GENE_SYMBOL, --gene_symbol GENE_SYMBOL
Enter the file path that contains the gene
symbol[required]
-H HEIGHT, --height HEIGHT
the height of dumbbell plot[optional,default 6]
-W WIDTH, --width WIDTH
the width of dumbbell plot[optional,default 8]
-o OUTDIR, --outdir OUTDIR
output file directory[optional,default cwd]
-p PREFIX, --prefix PREFIX
out file name prefix[optional,default m6a_cnv]
参数说明：
-c 输入拷贝数变异数据经过GISTIC软件分析过后的结果文件：
Gene Symbol
| Locus ID
| Cytoband
| TCGA-3Z-A93Z-01A-11D-A36W-01
| TCGA-6D-AA2E-01A-11D-A36W-01
| TCGA-A3-3306-01A-01D-0858-01
| TCGA-A3-3307-01A-01D-0858-01
| TCGA-A3-3308-01A-02D-1322-01
|
ACAP3
| 116983
| 1p36.33
| -0.001
| 0.002
| 0.009
| 0.015
| 0.005
|
ACTRT2
| 140625
| 1p36.32
| -0.001
| 0.002
| 0.009
| 0.015
| 0.005
|
-g 输入用于绘制哑铃图的基因文件：
ID
| group
|
RBM15
| W
|
RBM15B
| W
|
METTL14
| W
|
-H和-W 指定生成图片的高和宽，默认高为6，宽为8
使用举例：
Rscript ../scripts/cnv_dumbbell_plot.r -g ../m6a.tsv \
-c ../01.TCGA_data/TP_CNV_Gistic2_Level_4/all_data_by_genes.txt
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