这篇文章主要为大家展示了“如何使用ggraph包绘制展示相关性的网络图”，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下“如何使用ggraph包绘制展示相关性的网络图”这篇文章吧。
ggraph包绘制展示相关性的网络图
使用方法:
$Rscript scripts/corr_network.r -h
usage: scripts/corr_network.r [-h] -g GENE_DATA -p P_DATA -r R_DATA
[-P P_VALUE] [-R R_VALUE] [-H HEIGHT] [-W WIDTH]
[-o OUTDIR] [-f PREFIX]
Network diagram of correlation：https://www.天达云.com/article/1574
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-g GENE_DATA, --gene_data GENE_DATA
Enter the file path that contains the gene symbol and
gene grouping[required]
-p P_DATA, --p_data P_DATA
input data file path[required]
-r R_DATA, --r_data R_DATA
input data file path[required]
-P P_VALUE, --P_value P_VALUE
P value of correlation[optional,default 0.05]
-R R_VALUE, --R_value R_VALUE
the correlation coefficient[optional,default 0.3]
-H HEIGHT, --height HEIGHT
the height of plot[optional,default 6]
-W WIDTH, --width WIDTH
the width of plot[optional,default 6]
-o OUTDIR, --outdir OUTDIR
output file directory[optional,default cwd]
-f PREFIX, --prefix PREFIX
out file name prefix[optional,default m6a_corr]
参数说明：
-g 输入含有基因名称及基因分组的文件：
ID
| group
|
RBM15
| W
|
RBM15B
| W
|
METTL14
| W
|
-r 输入相关性分析的R值结果文件：
| YTHDC2
| ELAVL1
| IGF2BP2
| YTHDC1
| ALKBH5
|
YTHDC2
| 1
| 0.100844958115642
| -0.199266632575919
| 0.546179408118954
| 0.075091821006311
|
ELAVL1
| 0.100844958115642
| 1 | 0.150532385539874
| 0.225088605909775
| 0.298942427929541
|
IGF2BP2
| -0.199266632575919
| 0.150532385539874
| 1 | -0.233843565264036
| -0.172593213718997
|
-p 输入相关性分析的P值结果文件：
| YTHDC2
| ELAVL1
| IGF2BP2
| YTHDC1
| ALKBH5
|
YTHDC2
| 0
| 0.0193039987188
| 3.192988377154e-06
| 3.66906551176e-43
| 0.0818330030147
|
ELAVL1
| 0.0193039987188
| 0 | 0.000459299744619
| 1.315965760206e-07
| 1.43806714122e-12
|
IGF2BP2
| 3.19298837715e-06
| 0.000459299744619
| 0 | 4.074092694927e-08
| 5.71701876639e-05
|
-P、-R
指定P值和R值的阈值，默认P值为0.05，R值为0.3
使用举例：
Rscript ../scripts/corr_network.r -g ../m6a.tsv -p m6a_corr_p.tsv \
-r m6a_corr_r.tsv -P 0.001 -R 0.4
以上是“如何使用ggraph包绘制展示相关性的网络图”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注天达云行业资讯频道！