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GWAS根据遗传率和QTL的数量产出模拟表型数据

#Read Soybean
Genotype data file
D<-read.big.matrix("GN.txt", type="char", sep="\t",head = TRUE)
dim(D)
D=D[,2:31261]
D1=as.data.frame(as.matrix(D))
D2=t(D1)
QTL <-100*(1:20) #pick 20 QTL
u <-rep(0,31620) #marker effects
u[QTL] <- 1
g <-as.vector(crossprod(D2,u))
h3 <- 0.6      #heritability 
y <- g +rnorm(346,mean=0,sd=sqrt((1-h3)/h3*var(g)))
#Saving simulated filewrite.table(y,"H60Q20.txt", sep="\t")

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